PPI có đặc tính chống oxy hóa và chống viêm và có thể tác động lên nhiều loại tế bào khác nhau, bao gồm tế bào miễn dịch, tế bào nội mô mạch máu và tế bào biểu mô. Các tế bào miễn dịch đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì cân bằng đường ruột. Bất kỳ sự thay đổi hoặc mất cân bằng nào trong chức năng của chúng đều có thể góp phần vào sự phát triển của bệnh viêm ruột.

Ngày càng có nhiều nghiên cứu, bao gồm các nghiên cứu quan sát, hiện đang điều tra mối quan hệ giữa PPI và nguy cơ mắc bệnh viêm ruột. Tuy nhiên, các kết luận vẫn còn gây tranh cãi.

Bệnh viêm ruột là thuật ngữ chỉ sự viêm mãn tính ở ruột. Bệnh viêm ruột thường bị nhầm lẫn với tình trạng không viêm gọi là hội chứng ruột kích thích. Mặc dù hai tình trạng này có tên gọi và một số triệu chứng tương tự, chúng có những điểm khác biệt nhất định.