Bệnh viêm khớp dạng thấp thiếu niên thường khởi phát sau khi bị nhiễm virus, vi khuẩn. Nguyên nhân bệnh viêm khớp thiếu niên vẫn chưa rõ nhưng nhiều người cho rằng bệnh có tính chất tự miễn với tình trạng nhiễm khuẩn làm khởi động một loạt các quá trình trong hệ thống miễn dịch.

Viêm khớp thiếu niên tự phát thể hệ thống khá đặc trưng bởi các triệu chứng tổn thương nội tạng kèm theo sốt cao điển hình, cùng các tổn thương lan rộng ngoài khớp như trên da, mạch máu, tim, phổi, gan, lách, hạch…, từ đó ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe.