Tế bào gốc phôi và tế bào gốc trưởng thành đã được ứng dụng rất nhiều trong y học hiện đại. Tuy nghe qua có vẻ giống nhau nhưng chúng khá khác biệt ở nhiều khía cạnh - cả chức năng lẫn ứng dụng thực tiễn. Lựa chọn loại tế bào gốc phù hợp trong điều trị cũng là vấn đề cần được cân nhắc kỹ lưỡng.