Cho đến ngày nay vẫn chưa nhà nghiên cứu nào nhìn thấy được virus viêm gan C qua kính hiển vi điện tử hay môi trường nuôi cấy vi rút. Tuy nhiên, các nhà khoa học đã biết được bộ gen của vi rút nên cơ bản giả định được cấu tạo của virus. Theo đó, vi rút viêm gan C là một loại vi rút có lõi (hay gọi là nhân của virus) có cấu trúc là RNA và có thể được nhận diện qua các xét nghiệm virus viêm gan C.