Bệnh viêm ruột có cơ chế bệnh sinh phức tạp, bao gồm sự tương tác giữa hệ thống miễn dịch, hệ vi sinh vật đường ruột và các yếu tố di truyền. Ba thành phần này bị ảnh hưởng bởi một số yếu tố môi trường, có thể đưa sự cân bằng đến trạng thái tiền viêm qua trung gian miễn dịch trong ruột và một số mô ngoài ruột nhất định.