Có nhiều nguyên nhân tiềm ẩn của bệnh trào ngược dạ dày thực quản (GERD) kháng trị, các vấn đề này khác nhau về tỷ lệ mắc, tầm quan trọng về lâm sàng, mức độ và tần suất triệu chứng. Việc tuân thủ và tuân thủ kém trước tiên nên được đánh giá trước khi tiếp tục đánh giá.

Do sự đa dạng của các triệu chứng và dấu hiệu, các phương pháp chẩn đoán hiện tại còn hạn chế và thiếu độ nhạy hoặc độ đặc hiệu, trào ngược thanh quản hầu đôi khi được điều trị theo kinh nghiệm và không có chẩn đoán chính xác. Đồng thời, cơ chế bệnh sinh viêm thực quản trào ngược vẫn chưa được làm rõ.