Có nhiều nguyên nhân tiềm ẩn của bệnh trào ngược dạ dày thực quản (GERD) kháng trị, các vấn đề này khác nhau về tỷ lệ mắc, tầm quan trọng về lâm sàng, mức độ và tần suất triệu chứng. Việc tuân thủ và tuân thủ kém trước tiên nên được đánh giá trước khi tiếp tục đánh giá.