Viêm gan siêu E từ trước đến nay được coi là bệnh cấp tính, tự giới hạn tương tự như viêm gan A. Tuy nhiên thời gian gần đây, bệnh viêm gan E đã được xác định có khả năng tiến triển thành xơ gan. Viêm gan E mãn tính xảy ra chủ yếu ở những người sử dụng thuốc ức chế miễn dịch như ghép tạng đặc, nhiễm virus HIV có số lượng tế bào TCD4 thấp và mắc bệnh máu ác tính đang được hóa trị.