Người ta tin rằng viêm loét đại tràng có thể chủ yếu được xác định bởi sự kết hợp phức tạp của các yếu tố môi trường và vật chủ, các biến thể di truyền, phản ứng miễn dịch và hệ vi sinh vật đường ruột. Sự khởi phát của bệnh này được kích hoạt bởi sự xáo trộn của hàng rào niêm mạc, hệ vi sinh vật đường ruột và phản ứng miễn dịch bất thường.