Mỗi kháng sinh đều bao gồm ưu điểm và nhược điểm nhất định. Khi kết hợp kháng sinh trong điều trị thì những tác dụng phụ này có thể cộng lại hoặc gia tăng. Do vậy việc phối hợp kháng sinh trong điều trị cũng cần tuân thủ các nguyên tắc phối hợp kháng sinh hợp lý.

Bác sĩ thường chỉ định cho trẻ uống kháng sinh khi trẻ mắc phải các bệnh nhiễm khuẩn đường hô hấp, tiêu hóa. Tuy nhiên, nhiều cha mẹ lại băn khoăn không biết có nên cho trẻ uống kháng sinh không vì sợ trẻ uống kháng sinh bị táo bón.