Virus, vi khuẩn là nguyên nhân chính dẫn đến rối loạn tiêu hóa, tiêu chảy. Ngoài ra, rối loạn tiêu hóa sau khi uống kháng sinh cũng xảy ra rất phổ biến, đặc biệt là ở trẻ nhỏ. Đây là phản ứng phụ không mong muốn và có thể tự khỏi sau vài ngày ngưng dùng kháng sinh.