Nhiễm khuẩn hô hấp do vô số căn nguyên gây ra, chủ yếu vi khuẩn và virus. Tuy nhiên các triệu chứng lâm sàng đặc trưng cho các căn nguyên thường ít, dẫn đến việc chẩn đoán căn nguyên nhầm lẫn và điều trị kháng sinh quá mức. Do đó, việc chẩn đoán đúng căn nguyên nhiễm khuẩn để điều trị kháng sinh phù hợp là rất quan trọng.