Mỗi kháng sinh đều bao gồm ưu điểm và nhược điểm nhất định. Khi kết hợp kháng sinh trong điều trị thì những tác dụng phụ này có thể cộng lại hoặc gia tăng. Do vậy việc phối hợp kháng sinh trong điều trị cũng cần tuân thủ các nguyên tắc phối hợp kháng sinh hợp lý.