Kháng sinh dự phòng được sử dụng trước khi tình trạng nhiễm khuẩn xảy ra nhằm ngăn ngừa hiện tượng này. Do đó, mục đích khi dùng kháng sinh dự phòng là hạn chế tần suất nhiễm khuẩn tại vị trí phẫu thuật, không dự phòng nhiễm khuẩn toàn thân hoặc những cơ quan cách xa vị trí phẫu thuật.