Phương pháp phá vách liên nhĩ được thực hiện trong điều trị bệnh tim bẩm sinh bằng cách luồn một dụng cụ qua mạch máu ở đùi bệnh nhân, đưa dụng cụ đến tim để bít các lỗ thông ở trong tim hoặc nong rộng những chỗ hẹp ở van tim hoặc mạch máu.

Nhiều bệnh tim bẩm sinh, đặc biệt là bệnh tim bẩm sinh nặng trong thời kỳ sơ sinh cần phải được phẫu thuật phá vách liên nhĩ trong cấp cứu nhằm mục đích trộn máu ở tầng nhĩ tốt hơn và giảm áp lực của nhĩ phải.