Viêm loét đại tràng có liên quan đến việc giảm đa dạng vi sinh vật và làm cạn kiệt Bacteroidetes, Firmicutes trong đường tiêu hóa. Rối loạn vi khuẩn đường ruột trong IBD, đặc biệt là viêm loét đại tràng có liên quan đến những thay đổi trong hệ vi sinh vật nước bọt. Vì vậy, vấn đề vệ sinh răng miệng và màng sinh học có thể ảnh hưởng đến tác nhân gây bệnh.