Muỗi là vật trung gian truyền bệnh viêm não Nhật Bản, do vậy, diệt muỗi và phòng tránh bị muỗi đốt là một trong những cách phòng bệnh thụ động với hiệu quả tương đối. Tiêm ngừa vắc-xin viêm não Nhật Bản là biện pháp phòng bệnh an toàn và hiệu quả nhất.