Một nghiên cứu đa trung tâm gần đây đã chứng minh tính an toàn và hiệu quả của cấy ghép vi sinh vật trong phân (FMT) để điều trị nhiễm trùng do Clostridium difficile tái phát hoặc khó chữa ở bệnh nhân bệnh viêm ruột với tỷ lệ chữa khỏi tương đương với dân số chung.

Bệnh Crohn (CD) có thể khu trú ở bất kỳ phần nào của đường tiêu hóa, mặc dù vị trí chính là hồi tràng tận cùng. Vị trí bệnh ở ruột non được tìm thấy ở 30%-40% bệnh nhân mắc CD (với sự tham gia của hồi tràng tận cùng ở 90%) và 40%-55% bệnh nhân cho thấy vị trí ở hồi tràng và đại tràng.