Người ta lưu ý rằng, thực quản bị bệnh liên quan đến các đối chứng khỏe mạnh, đây là khu trú của một quần thể vi khuẩn giàu các loài gram âm một cách bất thường. Cái nhìn sâu sắc trong hệ vi sinh vật thực quản có thể giúp hướng dẫn, phân tích sâu hơn về các công cụ điều trị mới.

Dysbiosis là một thuật ngữ bao gồm sự thay đổi trong thành phần của hệ vi sinh vật kết hợp so với thành phần được tìm thấy ở những người khỏe mạnh. Khi phân biệt quần xã sinh vật của một thực quản khỏe mạnh bình thường với các trạng thái bệnh rối loạn sinh học như viêm thực quản trào ngược, viêm thực quản tăng esinophil, thực quản của Barrett, hoặc ung thư biểu mô tuyến thực quản , rõ ràng là chứng rối loạn sinh học có thể xảy ra trước tình trạng viêm.

Tuổi tác có ảnh hưởng đến hệ vi sinh vật thực quản dạ dày, mặc dù ý nghĩa đầy đủ vẫn chưa được xác định. Trong thời kỳ đầu đời, hệ vi sinh ruột kết của con người rất khác nhau. Phân tích thành phần vi sinh vật đại tràng ở bệnh nhân từ trẻ sơ sinh đến 80 tuổi và trên ba vị trí địa lý khác nhau (Hoa Kỳ, Venezuela và Malawi) đã phát hiện ra rằng, thành phần phát sinh loài dao động đáng kể trong 3 năm đầu đời.