Clostridium difficile là vi khuẩn Gram dương, kỵ khí, dạng bào tử (sinh nha bào) tồn tại trong đất, nước, không khí, ruột và phân của động vật và người. Vi khuẩn lây từ người sang người qua đường phân miệng hoặc tiếp xúc trực tiếp môi trường bị nhiễm Clostridium difficile, là nguyên nhân chính tiêu chảy liên quan nhân viên y tế, ở người lớn và trẻ em, trong bệnh viện và ngoài cộng đồng.