Đau đầu do xoang thường được chẩn đoán nhầm với bệnh đau nửa đầu vì các triệu chứng bệnh gần giống nhau. Người bệnh cần dựa vào triệu chứng báo hiệu để chẩn đoán phân biệt chính xác hai căn bệnh này.