Xét nghiệm mô bệnh học đóng vai trò chính trong chẩn đoán và quản lý viêm loét đại tràng (UC), nhưng phải luôn được diễn giải trong bối cảnh các phát hiện lâm sàng, nội soi và X-quang. Chẩn đoán chính xác đòi hỏi phải có kiến thức về các đặc điểm hình thái cổ điển của UC, cũng như một số biểu hiện bệnh lý không điển hình có thể gây ra phân loại sai quá trình bệnh.