Viêm đại tràng giả mạc có thể dẫn đến loạt biến chứng nguy hiểm khi trở nặng như: cơ thể suy kiệt, lượng kali trong máu thấp đến mức bất thường, mất nước do tiêu chảy, gây thủng ruột kết dẫn đến nhiễm khuẩn ổ bụng,... Do vậy, việc chẩn đoán để điều trị sớm là rất cần thiết, tránh nguy hiểm tới tính mạng.