Trong Y Học Cổ Truyền, cây thạch lựu là một vị thuốc quý, quả hay vỏ thân của cây đều có tác dụng dược lý đa dạng và được sử dụng trong những bài thuốc dân gian điều trị tiêu chảy, giun sán, sa trực tràng, ho lâu ngày, viêm amidan, viêm họng hay chảy máu cam. Tuy nhiên, vỏ rễ của cây thạch lựu có tính độc nên cần phải thận trọng khi sử dụng các bài thuốc từ thạch lựu cho những người có thể trạng yếu, trẻ em hoặc phụ nữ có thai.