Các quy trình và các phương pháp chuẩn được sử dụng để xử lý gần như tất cả các loại mẫu sinh thiết. Các quy trình này là các cách thông thường mà mẫu bệnh phẩm được chuẩn bị trong phòng xét nghiệm. Các quy trình khác được mô tả dưới đây, cũng có thể được thực hiện trên một số loại mẫu bệnh phẩm nhất định (ví dụ như các hạch bạch huyết hoặc tủy xương).

Đứng trước người bệnh có triệu chứng tiêu hóa dưới, nhất là tiêu lỏng, tiêu lỏng có máu, bác sĩ lâm sàng rất đắn đo giữa chẩn đoán viêm đại tràng thông thường và bệnh lí viêm ruột. Chẩn đoán xác định phải đặt ra vì điều trị các bệnh lý này khác nhau.

Ung thư đại tràng-trực tràng (CRC) đã được công nhận là nguyên nhân hàng đầu gây tử vong lâu dài ở những bệnh nhân mắc IBD và gây ra 8% tổng số ca tử vong ở những bệnh nhân mắc UC.