Anti-thrombin là một protein có đặc tính kháng đông, tuy nhiên hoạt tính kháng đông rất yếu và chậm khi tồn tại một mình. Bằng cách kết hợp với anti-thrombin trên vị trí đặc hiệu, heparin sẽ tăng hoạt tính chống đông của anti-thrombin lên gấp 1000 – 4000 lần.