Có 9 nhóm thuốc kháng sinh, do vậy khi lựa chọn điều trị kháng sinh cho người bệnh thì cần phải dựa trên tình trạng hoặc nguy cơ nhiễm khuẩn, vị trí nguồn nhiễm cũng như phổ kháng khuẩn của kháng sinh và tính thấm của kháng sinh vào mô nhiễm khuẩn đó như thế nào.

Dùng thuốc kháng sinh trị hội chứng ruột kích thích là một trong những phương pháp điều trị được dùng nhiều nhất. Tuy nhiên, kháng sinh có thể dẫn đến một số rủi ro trong quá trình điều trị nên bệnh nhân cần tìm đến sự tư vấn của bác sĩ và sử dụng thuốc cẩn thận.