Thuốc Sulfaguanidin thường được dùng để điều trị các nhiễm khuẩn đường ruột như: lỵ trực khuẩn, tiêu chảy, viêm ruột. Thuốc còn giúp phòng ngừa các tình trạng nhiễm khuẩn trước và sau phẫu thuật đường ruột.