Viêm loét dạ dày ở trẻ sơ sinh và trẻ em thường do nhiễm vi khuẩn Helicobacter Pylori với đường lây truyền phổ biến là đường miệng hoặc đường phân, qua người và ruồi nhặng. Viêm loét dạ dày ruột còn là hậu quả của tình trạng mất cân bằng giữa yếu tố tấn công và yếu tố bảo vệ ở niêm mạc dạ dày của trẻ.