Dùng thuốc chữa trào ngược dạ dày thực quản là một trong những biện pháp quan trọng để kiểm soát và giảm thiểu các triệu chứng khó chịu của bệnh lý này. Các loại thuốc thường được kê đơn bao gồm thuốc ức chế bơm proton (PPI), thuốc kháng H2, thuốc trung hòa acid và thuốc bảo vệ niêm mạc dạ dày.