Có khoảng trên 200 loài vi sinh vật tồn tại trên cơ thể người và một phần không nhỏ trong số đó phân bố tại đường tiêu hóa. Các vi sinh vật ở đường tiêu hóa bao gồm cả vi sinh vật có hại và vi sinh vật có lợi.

Vi sinh vật phân bố khắp mọi nơi trong tự nhiên và trên cả cơ thể người và các loài động vật. Vi sinh vật bao gồm vi sinh vật có lợi và vi sinh vật có hại. Trong đó, chỉ có một số ít loài vi sinh vật gây bệnh cho con người.

Nghiên cứu gần đây ở người và chuột cho thấy tiếp xúc với các vi sinh vật trong môi trường giúp ngăn ngừa dị ứng và các bệnh lý viêm khác.

Hệ vi khuẩn đường ruột đóng vai trò quan trọng trong việc hấp thụ các chất dinh dưỡng và duy trì sự trao đổi chất, có khả năng ảnh hưởng đến sự phát triển của rối loạn chuyển hóa ở người như béo phì và tiểu đường type 2. Trong chuyên mục này của tạp chí Cell Metabolism, Krisko et al. (2020) chứng minh rằng hệ vi khuẩn đường ruột điều hòa cân bằng nội môi glucose thông qua quá trình sinh tổng hợp glucose ở gan và không thông qua mô mỡ sinh nhiệt như các công bố trước đây.