Có khoảng hơn 100 loài vi khuẩn kỵ khí thường có mặt trong các bệnh phẩm của người. Các loài phổ biến nhất là vi khuẩn Bacteroides,vi khuẩn Prevotella, vi khuẩn Fusobacterium, vi khuẩn Mobiluncus,...