Việc khảo sát hệ vi sinh vật đường ruột đã dần dần thay đổi sự hiểu biết về bệnh thực quản. Phân tích mất cân bằng hệ vi sinh đường ruột sẽ cung cấp thêm thông tin chi tiết về cơ chế bệnh sinh của viêm thực quản trào ngược, di chứng và các bệnh lý liên quan khác.