Sự tương tác giữa acid mật và hệ vi sinh vật đường ruột có liên quan đến sinh lý bệnh của nhiều bệnh đường ruột và ruột ngoài, đặc biệt là bệnh gan ứ mật. Đặc biệt sự tiến triển của các bệnh gan ứ mật tự miễn cũng ảnh hưởng đến thành phần của hệ vi sinh vật đường ruột, làm trầm trọng thêm sự phát triển của bệnh ứ mật trong chu trình tương tác này.