Biểu hiện không điển hình phổ biến nhất của GERD có thể bao gồm các triệu chứng tai, mũi và họng (ENT), phổi (ho mãn tính hoặc hen suyễn), hoặc các triệu chứng tim (đau ngực không do tim). Do đó, GERD nên được xem xét mạnh mẽ trong chẩn đoán phân biệt bệnh nhân có các triệu chứng không điển hình khi các chẩn đoán thay thế đã được bác sĩ chuyên khoa khác loại trừ (bác sĩ phẫu thuật tai mũi họng, bác sĩ tim mạch, bác sĩ hô hấp, bác sĩ dị ứng).

Việc chẩn đoán GERD rất khó và thường được thực hiện bằng sự kết hợp của các triệu chứng lâm sàng, phản ứng với ức chế axit, cũng như kiểm tra khách quan với nội soi tiêu hóa trên và theo dõi pH thực quản.