Tần suất biến chứng liên quan đến thay huyết tương (TPE) được ghi nhận khá thay đổi tùy thuộc vào định nghĩa và có thể chia làm 2 nhóm: liên quan đến thủ thuật ít gặp (17%) và do phản ứng khi TPE thường gặp hơn. Nhiều nghiên cứu gần đây đã thấy tỷ lệ biến chứng từ 5-36%, đa phần nhẹ và không cần phải can thiệp. Thường gặp nhất hạ canxi máu do sử dụng kháng đông citrate trong cTPE, ít gặp hơn trong mTPE.

Năm 2019, Hiệp Hội Phân Tách Máu Hoa Kỳ (ASFA) đưa ra khuyến cáo lần thứ 8 mở rộng đáng kể chỉ định TPE trên nhiều bệnh lý hồi sức như nhiễm trùng huyết với suy đa cơ quan, suy gan cấp, viêm tụy cấp tăng triglyceride, ngộ độc...[52]. Các bệnh lý này đa phần hiếm gặp nên các thử nghiệm lâm sàng đánh giá hiệu quả chỉ định còn khiêm tốn. Sự khác biệt về mặt bệnh dẫn đến nhiều trung tâm có các chỉ định đặc thù mà hiệu quả còn chưa được chứng minh.