Cơ chế bệnh sinh của bệnh viêm ruột tập trung vào khả năng miễn dịch bị rối loạn điều hòa. Do đó, không có gì đáng ngạc nhiên khi thấy rằng các loại thuốc làm thay đổi khả năng miễn dịch của vật chủ đôi khi có thể dẫn đến sự phát triển của bệnh viêm ruột mới khởi phát, mà các tác giả gọi là “bệnh viêm ruột thứ phát do thuốc”.