Tần suất biến chứng liên quan đến thay huyết tương (TPE) được ghi nhận khá thay đổi tùy thuộc vào định nghĩa và có thể chia làm 2 nhóm: liên quan đến thủ thuật ít gặp (17%) và do phản ứng khi TPE thường gặp hơn. Nhiều nghiên cứu gần đây đã thấy tỷ lệ biến chứng từ 5-36%, đa phần nhẹ và không cần phải can thiệp. Thường gặp nhất hạ canxi máu do sử dụng kháng đông citrate trong cTPE, ít gặp hơn trong mTPE.