Cơ chế bệnh sinh viêm thực quản tăng Esinophil là một bệnh mãn tính qua trung gian miễn dịch của thực quản, đặc trưng bởi sự thâm nhiễm bạch cầu ái toan rõ rệt để đáp ứng với tế bào T helper type 2 (Th2). Các yếu tố như di truyền, môi trường, chất gây dị ứng và rối loạn vi khuẩn đường ruột đã được xác định là tác nhân gây ra bệnh mãn tính.