Sàng lọc trước sinh NIPT sớm giúp bố mẹ phát hiện được một số bệnh thường gặp do bất thường của nhiễm sắc thể (NST) như hội chứng Down, Edwards, Patau,... Ngày nay, những dị tật thai nhi có thể sàng lọc khá sớm từ tuần thai thứ 09 nhờ phương pháp NIPT.