Mặc dù nền tảng điều trị cơ bản của viêm loét đại tràng chảy máu là nội khoa, vẫn có khoảng 20 - 30% bệnh nhân phải phẫu thuật. Chỉ định phẫu thuật được chia làm ba loại: Cấp cứu, có trì hoãn và chọn lọc.