Các yếu tố hiện đã biết có khả năng gây ra bệnh viêm ruột thứ phát là thuốc; phẫu thuật thay đổi ruột và cấy ghép các cơ quan, tế bào gốc hoặc hệ vi sinh vật trong phân. Thuốc liên quan đến sự phát triển của bệnh viêm ruột thứ phát bao gồm; thuốc điều hòa miễn dịch, chất chống hoại tử khối u alpha, chất chống interleukin, interferon, chất kích thích miễn dịch và chất ức chế trạm kiểm soát. Cắt bỏ đại tràng trong một số trường hợp có thể làm phát sinh bệnh Crohn mới khởi phát, viêm túi hồi tràng hoặc hội chứng viêm ruột sau cắt.