Các tổn thương ung thư tiêu hóa ban đầu thường có kích thước nhỏ, vị trí không điển hình và thường dễ bị bỏ sót do nhầm lẫn trong vùng niêm mạc bình thường. Để khắc phục hạn chế này, các nhà cận lâm sàng đã thiết kế và cho ra đời phương tiện nội soi nhuộm màu và phóng đại giúp chẩn đoán nguy cơ, phát hiện sớm ung thư tiêu hóa

Việc phát hiện u tân sinh trong chẩn đoán Barrett thực quản (BE) vẫn còn nhiều thách thức vì sinh thiết bốn góc phần tư theo tiêu chuẩn vàng hiện nay có tỷ lệ bỏ sót cao và được tuân thủ kém. Bằng chứng ủng hộ việc sử dụng phương pháp nội soi bằng axit axetic (axit axetic C) đang ngày càng phát triển.