Khi xâm nhập đường tiêu hóa, vi khuẩn Helicobacter pylori có liên quan đến bệnh viêm ruột, bệnh trào ngược dạ dày thực quản, bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu, ung thư biểu mô gan, sỏi mật và viêm túi mật.