Việc phân loại, chẩn đoán tổn thương dạng nang tuyến tụy là một vấn đề quan trọng trong việc lập kế hoạch xử trí thêm. Siêu âm nội soi và chẩn đoán qua mao mạch là hai phương pháp nội soi chính được sử dụng. Chọc hút bằng kim nhỏ có hướng dẫn EUS (FNA) tế bào học và sinh thiết bằng vi kim... là những phương pháp đầy hứa hẹn đã được sử dụng trong chẩn đoán phân biệt.