Các quy trình và các phương pháp chuẩn được sử dụng để xử lý gần như tất cả các loại mẫu sinh thiết. Các quy trình này là các cách thông thường mà mẫu bệnh phẩm được chuẩn bị trong phòng xét nghiệm. Các quy trình khác được mô tả dưới đây, cũng có thể được thực hiện trên một số loại mẫu bệnh phẩm nhất định (ví dụ như các hạch bạch huyết hoặc tủy xương).