Sử dụng kháng sinh cho trẻ em đúng cách sẽ đáp ứng được việc điều trị bệnh. Tuy nhiên, hiện nay tình trạng lạm dụng thuốc kháng sinh ở trẻ em khiến cho các chủng vi khuẩn kháng lại thuốc kháng sinh. Trẻ có thể đáp ứng tốt với kháng sinh trong những lần đầu sử dụng thuốc, nhưng lần sử dụng sau sẽ bị nhờn thuốc bởi vi khuẩn đã biến thể.

Giữa thuốc và thức ăn luôn có tương tác qua lại với nhau. Hầu hết kháng sinh dùng cho trẻ không làm ảnh hưởng tới sức khỏe. Tuy nhiên vẫn có một số loại thuốc mà các bậc phụ huynh cần phải lưu ý khi cho bé sử dụng.