Các yếu tố hiện đã biết có khả năng gây ra bệnh viêm ruột thứ phát là thuốc, phẫu thuật thay đổi ruột và cấy ghép các cơ quan, tế bào gốc hoặc hệ vi sinh vật trong phân. Thuốc liên quan đến sự phát triển của bệnh viêm ruột thứ phát bao gồm: Thuốc điều hòa miễn dịch, chất chống hoại tử khối u alpha, chất chống interleukin, interferon, chất kích thích miễn dịch và chất ức chế trạm kiểm soát...