Hệ vi sinh vật trong dạ dày thực quản được tạo hình bởi khoang miệng, hầu họng và dạ dày do sự di chuyển của vi khuẩn đường miệng đến thực quản và sự trào ngược của hệ vi sinh vật trong dạ dày. Có thể nhận biết được, điều này thay đổi đáng kể ở mỗi người, ngay cả ở những người có vẻ khỏe mạnh.