Các axit béo chuỗi ngắn được tạo ra chủ yếu nhờ vào các loại vi khuẩn thân thiện trong đường ruột của con người. Trên thực tế, chúng là những nguồn nhiên liệu chính cho các tế bào ở ruột kết. Hơn thế nữa, các axit béo chuỗi ngắn cũng đóng vai trò quan trọng trong việc phòng ngừa một số căn bệnh nhất định, chẳng hạn như tiểu đường tuýp 2, tình trạng viêm, bệnh tim hoặc béo phì.