Nội soi đại tràng thường được thực hiện với mục đích sàng lọc, chẩn đoán hoặc giám sát. Đây là một thủ thuật tương đối an toàn với tỷ lệ biến chứng từ 0,1%-0,3%. Bên cạnh các biến chứng như chảy máu, thủng và hội chứng sau cắt polyp,... Nội soi đại tràng còn gây ra biến chứng viêm túi thừa.